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ペアエンド の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認Trimmo...
2024-04
RNA-Seq RNA-Seq 【備忘録】RNA-Seqの解析パイプライン【シングルエンド】
Single End の RNA-Seq データ解析のパイプラインをメモします。はじめにLinux OS 上で Shellscript を用いて各種NGS解析ツールを走らせて解析をします。解析内容は以下です。md5sumによるデータの確認T...
RNA-Seq 【備忘録】HISAT2の準備【RNA-Seq】
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RNA-Seq 【備忘録】Trimmomaticの準備【RNA-Seq】
SNP calling や RNA-Seqデータ解析などで用いる Trimmomatic のインストール方法と使い方についてメモします。はじめにTrimmomatic は Java で書かれているアダプタートリミング/クオリティチェックのツ...
備忘録 【備忘録】PythonのBokehでBandのグラフを描く【可視化】
サムネのようなグラフの描き方を記しておきます。PythonのBokehを用います。BokehのインストールBokehを用いるので、下記等でBokehをインストールしておきます。pip install bokehライブラリBokehのうち、以...