概要全ゲノムショットガン法(Whole Genome Shotgun Sequencing: WGS)は、ゲノム全体を無作為に切断し、それぞれの断片の塩基配列を解読し、最終的に全体の塩基配列を決定する方法です。WGSの手法は、初めてゲノムシ...

概要階層化ショットガン法（Hierarchical Shotgun Sequencing）は、ゲノムシーケンシングの方法の一つであり、全ゲノムショットガン法と比較されます。本方法は、１つのゲノムを複数の小さな断片（コンティグ）に分割し、それ...

アセンブリとは、次世代シーケンサ(NGS: Next Generation Sequencer)から得られた短い配列データを元に、ゲノムの元の配列を再構築する手法のことを指します。原理次世代シーケンサは長いDNAを大量の短い断片に分割し、そ...

マッピングは、シーケンサから出力されたDNA塩基配列がゲノムのどの部位から由来しているかを同定する過程で、組み立てやアラインメントとも呼ばれます。本稿では、RNA-seqに焦点を当て、Bowtie2, BWA, STAR, HISAT2とい...

リシークエンシング（Resequencing）は、既知の配列（リファレンス配列）を基にして、対象となるゲノムの配列を決定する方法を指します。具体的には、リファレンス配列としてヒトゲノム等の既存の配列情報を利用し、その配列とターゲットとなるゲ...

エクソーム解析（Exome Sequencing）とは、全ゲノム配列を解読するのではなく、遺伝情報の実質的な部分であるエクソン配列のみを解析する手法のことを指します。エクソンは全ゲノム配列の約1%を占めるのみであるため、解析が効率的になりま...

メタゲノム解析とは、特定の環境(川、腸内、口腔内など)を構成する生物全ての遺伝情報(DNAなど)をサンプルとして採取し、サンプルに含まれる種の同定や同定した種について機能解析を行う手法のことを指します。これにより、特定の環境に存在する微生物...

逆転写（reverse transcription）とは、リボ核酸（RNA）がデオキシリボ核酸（DNA）に変換される過程のことを指します。これは、特にレトロウイルスや逆転写酵母などの生物で見られる生物学的現象で、逆転写酵素という特殊な酵素の...

逆転写酵素逆転写酵素（Reverse Transcriptase）は、RNAを鋳型としてDNAを合成する酵素で、Retrovirus（レトロウイルス）などのゲノムにコードされています。RNAをDNAに変換する手順(=逆転写)は生命の中心的な...

形質導入とは、ウイルスが宿主細胞へ感染する際に自身のDNAを宿主細胞のDNAに組み込む性質を利用して、目的のDNA断片を宿主細胞へ導入して形質を変える技術のことです。形質導入は、遺伝子工学や生物工学において重要な手法であり、植物や動物、微生...